Extraordinarias fueron también las gracias pontificias de las que se hizo objeto al Monasterio.

Honorio III, por Bula de septiembre del año 1219, le autoriza para celebrar los oficios divinos, no obstante el entredicho terrae, excluidos los excomulgados y suspensos⁵⁵.

A ruego del Infante Don Alfonso, Inocencio IV dicta una Bula desde Lyon en diciembre de 1248, eximiendo al Real Monasterio de pagar un subsidio exigido por el Abad del Císter⁵⁶.

El Papa Alejandro IV, en Bula de agosto de 1259, concede a las Religiosas el que puedan usar camisas, pieles y colchones, no obstante estar prohibido por la Regla de San Benito⁵⁷.

Y a fines del siglo XVI, siendo Abadesa Doña Juana de Ayala, Clemente VIII le otorga un altar privilegiado perpetuo, no sin haber mediado la eficaz influencia en favor de Las Huelgas del famoso Cardenal Cinzio Passero Aldobrandini. Para vencer la resistencia del Papa, de quien era sobrino, le refirió jocosamente el proverbio ya popular que decía, salva la reverencia que se debe, que si el Sumo Pontífice, Cabeza de la Iglesia, hubiera de casarse, no habría mujer más digna que esta Abadesa, por ser tan rara y superior la dignidad que la hace ilustre⁵⁸.