En el orden temporal gozó el Real Monasterio de verdadera soberanía civil en todo aquel extenso radio de acción, en el que poseía bienes fundacionales, y en los adquiridos más tarde por donación o compra, constituyendo indudable Señorío, en el sentido que recogen las Partidas con estas palabras: «Señor es llamado propiamente aquel que ha mandamiento et poderío sobre todos aquellos que viven en su tierra; et a este atal deben todos llamar señor, también los naturales como los otros que vienen a él o a su tierra»⁵.

Así se desprende del primer privilegio concedido por Alfonso VIII, en términos que no permiten abrigar la menor duda:

«… ordeno, que así las haciendas sobredichas como todas las demás que ahora y en cualquier tiempo fueren dadas al dicho Monasterio por cualquier persona, y así mismo las que por la Abadesa y Convento fueren compradas, estén únicamente sujetas a la potestad, dominio y jurisdicción de solo la Abadesa y Convento, y que al Monasterio, y no a otro alguno, se paguen los tributos, pechos y derechos de todas ellas; y mandamos que todas permanezcan perpetuamente libres y exentas de todo otro yugo, gravamen o paga, y de toda entrada de Merino u otro Ministro de Justicia»⁶.

Trátase, como se ve en la fórmula transcrita, de una exención de la mayor amplitud, pues concede a la Abadesa y Convento, a más del dominio de las heredades donadas, la percepción de todos los tributos que pertenecían al Rey (fiscalia regalia) y la jurisdictio o sumisión de los vasallos al nuevo Señor, completada con la prohibición de que los oficiales del Rey entraren en el territorio del abadengo a ejercer jurisdicción. El carácter señorial de los atributos de la Abadesa se perfila aun más, si cabe, con el privilegio de la moneda forera, inherente a la soberanía del Rey, con la exención del servicio militar (f ossatum) y el reconocimiento del derecho de prendar (pignus)⁷.

El privilegio de lo moneda forera fue concedido sobre once villas por Fernando III el Santo en 1219⁸, siendo ratificado por Alfonso X y Sancho IV⁹, así como por Pedro I¹⁰. De la exención del servicio militar tenemos noticia por una Real Cédula dada por Felipe IV, siendo Abadesa la Venerable Doña Antonia Jacinta de Navarra, en la que manda al Corregidor de Burgos que no exija soldado alguno al Monasterio y al Hospital del Rey, por estar ambas casas exentas de tal obligación, merced confirmada y aclarada en 1768 por Carlos III al resolver «que en los alistamientos y sorteos de Milicias no se entrometa el Intendente de Burgos en la jurisdicción y Compases del Real Monasterio y Hospital del Rey, porque estaban exentos de Milicias los criados y empleados que fuere costumbre mantener en el servicio interior de ambas. Comunidades, siempre que hayan estado asignados a dicho servicio seis meses antes de la publicación del sorteo»¹¹.

En cuanto a la licencia de prendar, claramente fue reconocida en favor de los guardas de los ganados y viñas de estas Reales Casas, a quienes no afectaba el derecho concedido por Alfonso X a la ciudad de Burgos para exigir a los monasterios enclavados en su territorio que «den caja con peños… en que los puedan prender», pues quedaron exceptuados de modo expreso los que mostraron carta plomada de Alfonso VIII¹², siendo varios los casos en que los mismos de la Ciudad fueron castigados por aquellos guardas.