La superioridad de la Abadesa de Las Huelgas no era preeminencia más o menos honorífica, sino que se manifestaba de un modo efectivo en el régimen de vida de todas las filiaciones. Era ella quien, por sí o por medio de sus delegados, asistía a las elecciones de Abadesas de los conventos de su jurisdicción; y nombraba en los mismos Priora, Subpriora, Porteras, Sacristanas, Cilleriza y demás oficios mayores y menores.

La Abadesa electa pasaba a Santa María la Real a confirmarse, y a dar la obediencia en manos de la Señora Abadesa; en este acto ponía las suyas sobre un libro de los Santos Evangelios y hacía el siguiente juramento y profesión:

«Yo Doña … Abadesa del Monasterio … de la Orden del Cister, sito en el Obispado de … prometo la sujeción y reverencia que los Santos Padres establecieron, según la Regla de nuestro Padre San Benito y Estatutos de Cister, a la Ilustrísima Señora Doña … Abadesa del Monasterio de Sta. María la Real de Huelgas cerca de Burgos, y a sus sucesoras que canónicamente la sucedieren; y que observaré y defenderé los Privilegios y libertades de nuestra Religión, y de mi Convento; y que no enajenaré ni venderé, ni daré en prendas o feudo en manera alguna los bienes que a dicho mi Monasterio pertenecieren, aunque el convento quiera, sin expresa licencia de dicha Ilustrísima Señora Abadesa, mi Madre y Prelada. Así Dios me ayude y estos santos Evangelios.»

Esta profesión, firmada por la nueva Abadesa, se guardaba en el archivo del Real Monasterio¹⁸.

A nosotros han llegado licencias expedidas por la Abadesa de Las Huelgas para otorgar escrituras y contratos que requieren autorización del Ordinario¹⁹.

La Abadesa ejerció también el derecho de visita en todas las filiaciones. Después del Concilio tridentino, que impuso la clausura a las religiosas, esta visita era realizada por sus comisarios o delegados²⁰, confiriéndoles poderes de extraordinaria amplitud, como se ve en el título siguiente:

«Nos Doña … por la gracia de Dios y de la Santa Sede Apostólica, Abadesa del Monasterio de Santa María la Real de Las Huelgas cerca de la Ciudad de Burgos, de la Orden de Cister, Señora, Superiora, Prelada, Madre y legítima administradora en lo espiritual y temporal de dicho Real Monasterio y su Hospital del Rey, cerca de él, y de los doce Monasterios, sus filiaciones, villas y lugares de su jurisdicción, señorío y vasallaje, etc.»

«Por cuanto a Nos, y a nuestro derecho y jurisdicción espiritual que tenemos, toca visitar por Comisario o Comisarios por Nos nombrados los Monasterios de nuestra filiación, y cuidar de su religión y observancia; usando de él, y atendiendo a las muchas partes de religión, virtud y letras de … con quien esta parte descargamos nuestra conciencia y obligación, por las presentes y su tenor le damos toda nuestra comisión y poder tan cumplido como le tenemos, y podemos dar, sin limitación alguna, para que por Nos y en nuestro nombre, y representando nuestra misma persona y Prelacía, personalmente visite el nuestro Monasterio de Monjas Bernardas de … como a nuestra filiación e hijas de obediencia; presentándose en el Capítulo e Iglesia de él, visitando el Santísimo Sacramento, clausura, celdas y las demás cosas pertenecientes a visita general ordinaria o extraordinaria; mandando en virtud de santa obediencia y con precepto formal y censuras a todas nuestras súbditas, así Abadesa como gobernadora y Monjas particulares de dicho Monasterio; recibiendo sus dichos y deposiciones; dando cargos y recibiendo descargos; juzgando y sentenciando todas las causas que en dicha visita se ofrecieren; castigando o absolviendo, según los méritos de los autos que se hicieren: Y para que pueda hacer definiciones y mandatos de visita, según le pareciese convenir para el servicio de Dios N. Señor y buen gobierno espiritual y temporal de nuestra filiación; que para todo lo dicho y a ello anejo y perteneciente le damos todo nuestro poder, como dicho es, y le creamos, elegimos y nombramos por nuestro Visitador de dicho Monasterio; y le damos todo el tiempo y comisión que se requiere para que pida, vea y examine los libros de cuentas que hubiere en dicha nuestra filiación desde la última censura en ellos dada por los Visitadores por Nos nombrados o por nuestras antecesoras, y para que cotege y examine sus partidas, aprobándolas o dando la censura que merezcan»²¹.

La Abadesa de Las Huelgas daba definiciones y mandatos a los conventos sometidos a su obediencia²², determinando el régimen de vida de todas sus súbditas. En 1595 vemos cómo Doña Juana de Ayala da licencia a la Comunidad de Nuestra Señora de la Consolación de Perales para que en adelante observase y viviese bajo la Regla de San Benito y en rigurosa clausura, pero a condición de que continuase bajo su obediencia y que de nuevo la prestase²³.

La Abadesa podía mudar y trasladar las Abadesas y monjas de un Monasterio a otro, o traerlas y llamarlas al de Las Huelgas, sin solicitar para ello permiso del Ordinario. Daba, igualmente, licencia para la admisión de monjas²⁴, para dar y recibir su profesión; para darles el velo; para que pudiesen disponer de sus bienes²⁵; y con acuerdo de dos personas de scientia y de conscientia podía autorizar a cualquier religiosa para salir del Monasterio a curarse de la enfermedad que padeciese, y permitir a sus monjas que «a la primera puerta de la escala puedan hablar con sus padres y hermanos, cuando vinieren a visitarles»²⁶; y autorizarles, en alivio de sus trabajos y enfermedades para que «cada una de ellas pueda tener una moza en su servicio, con condición que mientras en él estuvieren observen clausura y comportamiento como sus señoras»²⁷.

La Abadesa ordenaba, en suma, la vida toda de sus conventos, sin quedar al margen de su jurisdicción hecho alguno de los mismos²⁸, no siendo, sin duda, el menor de sus privilegios la facultad que usaba de nombrar confesores para todos sus Monasterios, confesores tanto ordinarios como extraordinarios, por ella únicamente aprobados y examinados²⁹.