Semejante facultad de la Abadesa era consecuencia natural de la superioridad que le competía en la administración de los intereses del Hospital, superioridad que se manifestaba en la subordinación impuesta a los Freyles y al Comendador de un modo expreso en las definiciones llegadas a nosotros.

Así lo dice claramente en las suyas Don Luis Cabeza de Vaca: «… el qual Comendador sea principal y superior a los Freyles y Freylas después de la Señora Abadesa de las Huelgas, o su lugar teniente…»¹⁸, y antes que él, García Portillo, refiriéndose a las personas encargadas del Hospital, había declarado: «… los quales han de ser trece, el uno de los quales ha de ser superior después de la Señora Abadesa, y los doce Freyles séanle sujetos, como a persona puesta por la dicha Abadesa…»¹⁹.

El estilo terminante de estas declaraciones estaba aconsejado por el repetido alzamiento contra la Abadesa de los Freyles y el Comendador, que pretendían administrar por sí la fundación real y hasta distribuirse entre ellos su hacienda y señorío²⁰. No nos toca a nosotros ni relatar siquiera alguno de dichos incidentes, ni referirnos tampoco a la repetición de estos hechos después de dictadas las Definiciones: quede todo para quienes de intento escriban la historia de esas Reales Casas. Digamos solamente que, excediéndose tal vez en su amparo a la autoridad de la Abadesa sobre tan levantiscos personajes, hubieron de intervenir los Monarcas para supeditarlos por entero a la Prelada, mediante la privación de las funciones administrativas que no querían los Freyles ejercer por simple delegación y mandato.

Por encargo de Felipe II, el Licenciado Pobladura, Abad de la Oliva, en Navarra, puso todo su empeño en atajar los abusos de la desordenada gestión de los Freyles; y creyó conseguirlo privándoles de la administración enteramente, según se contiene en la definición veintitrés y siguiente insertas en una Real Provisión dada en Valladolid a 23 de julio de 1559. Poco tiempo después, el Obispo de Calahorra, Don Pedro Manso, nombrado Visitador por Felipe III, al deducir del examen de los libros que los Comendadores habían malversado los fondos del Hospital, pronunció sentencia en 23 de septiembre de 1606²¹, en la que prohíbe que el Comendador Mayor y Freyles tengan los oficios de administración, cobranza y distribución de la hacienda y rentas del Hospital; deben ocuparse tan sólo en los oficios que se les encargaren del servicio y asistencia de los pobres y peregrinos.

Pero como quiera que estas medidas no se pusieron en práctica por la eficaz protesta de los reformados, y los Freyles con sus Comendadores al frente seguían inquietando a las Abadesas y continuaban en su desordenado proceder, el Supremo Consejo de la Cámara comprendió que el tener los Freyles la administración del Hospital les alentaba a repetir litigios —por hallarse con medios para sostenerlos—, y resolvió cortar de raíz el daño. Al efecto, despachó un Ministro en 1704, con comisión e instrucción secreta, para que se enterase del estado, cuentas y gobierno temporal de la Real Casa, informase a Su Majestad de todo, y en lo que pidiese remedio, se tomase la providencia oportuna.

En cumplimiento de esta Comisión, Don Juan Miguélez de Mendaño Osorio, del Consejo de Su Majestad en el de la Suprema y general Inquisición, dejó ordenados unos autos de buen gobierno, en los que se dispuso que la Señora Abadesa no podría en lo sucesivo nombrar a los Freyles para los cargos administrativos del Hospital, sino a personas legas, llanas y abonadas, de cuya suficiencia y fidelidad se procuraría informes secretos, así como de las fianzas que pudieran dar, «y de todo dé quenta a su Magestad en su Consejo Supremo de la Cámara, y del trabajo y ocupación de cada oficio, y el salario que ha tenido conforme a Difiniciones, y de lo que se ha dado a otros, sin que quanto a estos nombramientos pueda tener otro arbitrio ni facultad la dicha Señora Abadesa, porque así es la voluntad de su Magestad.»

Habiendo recurrido contra este auto la Abadesa y Convento, por estimar que atacaba en algunos puntos su jurisdicción, Felipe V expidió una Cédula, fechada en Madrid, a 30 de diciembre de 1705, en la que se aprueba y confirma el anterior mandato con la limitación y cláusulas siguientes:

«Visto en el mi Consejo de la Cámara, y tenido presente todos los papeles e instrumentos de la referida Visita, y los demás que tocan á esta materia, apruebo el mandato primero aquí incorporado, menos en la obligación que pone a las Abadesas de darme qüenta en el dicho mi Consejo de la Cámara de las personas que nombraren para los oficios del Hospital, del trabajo y ocupación de cada uno, y del salario que han tenido y dado á otros, sin que puedan tener las Abadesas en los nombramientos otro arbitrio ni autoridad, pues por lo que toca á esto lo revoco y anulo, y declaro es mi voluntad dexar como dexo a las dichas Señoras Abadesas la libre facultad de hacer los nombramientos de los oficios del Hospital, como fuere su voluntad, como no sea en los Freyles, sino en personas Legas, llanas y abonadas, como previene el referido Don Juan Miguélez en este mandato, y que los pueda amover y quitar con causa o sin ella»²²