En los primeros siglos de la historia de Santa María de Las Huelgas vemos con mucha frecuencia a las Señoras acudir en defensa del Real Convento y oponerse incluso a los Monarcas que desconocieron, por error en varias ocasiones, las potestades de gobierno de la Abadesa.Y esos Monarcas que escriben en sus cartas-privilegiosla razón que muchas veces les mueve: «por el bien que queremos hacer al dicho Monesterio y a ruegos de la Infanta Señora de Las Huelgas», esos Monarcas, decimos, se encontrarán con esta misma Señora si intentan excederse en sus derechos de patronato, con merma de la jurisdicción de la Prelada.

Pero pasaron los siglos y con ellos se esfumó la simpática figura de la Mayora²⁴ y defensora del lugar. Y entonces la Realeza, que seguía distinguiendo al Monasterio con gracias y mercedes renovadas, no encontró un freno proporcionado a su imperio. De aquí sus excesos, que se manifiestan, principalmente durante el siglo XVI, con la injerencia de sus visitadores.

Hemos referido anteriormente que Carlos V designó al Abad de Veruela y al Prior de Miraflores²⁵, para asistir al nombramiento de Abadesa, cuando murió Doña Teresa de Ayala. Con motivo del escrutinio se produjeron varios incidentes, por no conformarse algunas de las monjas con la elección de Doña Leonor Sarmiento, y como el Consejo Real se hubiera enfrentado con la Comunidad del Monasterio, recurrió ésta en queja al Papa Clemente VII, exponiéndole respetuosamente que los visitadores nombrados por el Rey²⁶ contravenían las antiguas costumbres de la Casa, y por ello rogaban al Romano Pontífice confirmara el Decreto dado por el Abad del Císter en 1522, que facultaba a la Señora Abadesa para nombrar visitadores del Monasterio, de las filiaciones y del Hospital.

A esta súplica de la Comunidad, correspondió el Pontífice con un decreto expedido vivae vocis oraculo por medio de Laurencio, Cardenal Obispo de Preneste, en 11 de marzo de 1526, en el que mandaba, bajo pena de excomunión ipso facto incurrenda, que los Visitadores del Monasterio terminasen sus visitas antes de los diez días de haberlas comenzado, y que si el Rey nombraba para tal fin eclesiásticos seculares, no pudieren proceder en su visita sin la cooperación de algún religioso cisterciense; y se agregaba, para asegurar la observancia de los estatutos de la Orden, que no tendría valor lo que aquéllos hiciesen sin el consentimiento del Visitador religioso²⁷.

Con el fin de asegurar más todavía su independencia, se dirigió Doña Leonor Sarmiento en súplica semejante al Abad del Císter, quien despachó una orden el día 21 de mayo de 1530, por la que prohibía a las monjas, e incluso a la misma Abadesa, en virtud de santa obediencia y bajo censuras, que admitiesen por visitadores a eclesiásticos seculares²⁸.

Todo esto no bastó —nos dice MUÑIZ²⁹—para que por los años de 1536 no fuese admitido a la visita del Real Monasterio Don Luis Cabeza de Vaca, Obispo de Palencia, con Bulas, según parece, de Paulo III³⁰, lo que, sabido por el Abad general, motivó su queja ante Paulo IV, de quien consiguió un Decreto vivae vocis oraculo, expedido en 7 de julio de 1559 por Rainuncio, Presbítero Cardenal Penitenciario Mayor del Papa, en el que se declara que la visita y reforma del Real Convento, Hospital y Filiaciones corresponde exclusivamente al Abad del Císter y que en ella debe guardarse la voluntad del Rey fundador y los privilegios de la Orden, y se inhibe con gravísimas penas a todos los Visitadores que no fueren conformes con lo que disponen dichos privilegios³¹.

Pero habiéndose alterado, por nuevas guerras, las comunicaciones entre Francia y España, se hizo difícil cumplir el anterior decreto, lo que dio pie para que fuese admitido en 1580 por Visitador Don Sebastián Pérez, Obispo de Osma.

Ocurrieron más tarde desavenencias entre el Real Monasterio y el General del Císter; y Clemente VIII, por Breve de 15 de diciembre de 1603, nombró al Obispo de Palencia Don Martín de Aspey Sierra, Superior del Real Monasterio y de sus dependencias durante tres años, debiendo sustituirle en caso de imposibilidad los Obispos de Calahorra y de Osma. Este nombramiento fue aceptado en 2 de mayo de 1604, y se lee en el documento que con este motivo envió el Real Consejo, que Su Santidad le comette la jurisdicción y prelacía ordinaria del Real Monasterio³².