En el relato del hecho anterior habrá podido apreciarse que no hicimos ni siquiera alusión a los del Císter. Nadie se acordó de ellos para solicitar su amparo. Ni la Abadesa ni los depuestos Freyles invocaron su dependencia. Estaban ya lejanos aquellos otros tiempos en que el Abad general despachaba sus decretos camino de Las Huelgas.

Pero sí se acordó de él Don Pedro Manso cuando, para protestar contra los requerimientos del Nuncio, advertía «que antes el Real Monasterio y filiaciones eran sujetos al Abad del Císter, pero que de algunos años a esta parte Su Santidad les ha dado Superior en España…»

Y tenía razón el Obispo de Calahorra en lo que se refiere a la independencia de la Señora Abadesa frente al Císter.

A tal nuevo estado de cosas se llegó, en gran parte, por la actitud de los Monarcas, celosos de sus regalías; pero, a veces, también por la conducta de las mismas Abadesas. Así se ve en dos hechos elocuentes.

Los Monarcas enviaban sus visitadores al Monasterio, Hospital y filiaciones con licencia pontificia, en contra de la autoridad del General de la Orden.

Y Carlos I³⁷ y Felipe III prohibieron al Abad del Císter la entrada en España de manera expresa. De tal modo, se hizo posible que el Real Consejo de Castilla sucediera al Abad del Císter en el conocimiento de todos los asuntos relativos a Las Huelgas que eran antes de la exclusiva competencia de aquél³⁸.

Esta sustitución fue el término de una larga lucha en la que varias veces acudieron al Romano Pontífice, o a sus delegados, los poderosos contendientes, sin que dejasen de ser éstos instigados por las mismas Abadesas, que obraban en cada caso según conveniencia.

Presentemos un ejemplo.

A principios del siglo XVII, cuando ya podía preverse el resultado de la contienda, parece ser que, molestado por la parte que había tenido el Real Consejo en el nombramiento de visitadores, el General del Císter comenzó a poner algunas dificultades para enviar Padres Confesores al Real Monasterio y sus filiaciones. Era a la sazón Abadesa la Excelentísima Señora Doña Ana de Austria, mujer de extraordinarias dotes de gobierno. Previendo que el Abad y el Capítulo General podrían tomar alguna medida, en perjuicio de Las Huelgas, puso esta cuestión en conocimiento del Nuncio en España, quien expidió un Breve en 22 de abril de 1623, dirigido al M. Rvdo. P. General de la Orden cisterciense, en que le dice:

«…que Doña Ana de Austria, Abadesa perpétua del Real Monasterio, le había manifestado hacía poco que, según costumbre observada desde tiempo inmemorial, los Confesores, tanto de la Comunidad de Las Huelgas como de sus filiaciones, libremente y sin intervención de contratos y escrituras de ninguna clase, al arbitrio y voluntad y elección de las Abadesas del Real Monasterio, que por tiempo fueron, habían sido asignados siempre por los Superiores de la Orden; esto no obstante, porque teme con fundamento que, contraviniendo a esta costumbre, intentéis hacer algo en su perjuicio, nos ha suplicado que la prestásemos nuestra ayuda para evitarlo. Considerando, pues, que esta petición es justa y muy conforme a razón, os mandamos en virtud de santa obediencia y bajo pena de excomunión mayor latae sententiae, que asignéis al Real Monasterio y sus filiaciones los Confesores de vuestra Orden según la costumbre hasta ahora observada, esto es, al arbitrio, voluntad y elección de dicha Abadesa y sin intervención de contratos y escrituras de ninguna clase»³⁹.